結核分枝桿菌（mycobacterium tuberculosis，MTB）和非結核分枝桿菌（nontuberculous mycobacteria，NTM）感染的準確鑒定能夠協助患者分層與精準用藥，有效治療與控制肺部傳染性疾病。然而，快速診斷患者屬于MTB或NTM感染，分離樣本菌株、分析致病源抗生素敏感性與耐藥性是現存臨床挑戰之一。
允英醫療與上海肺科醫院合作，采用基于NGS（next generational sequencing）測序技術方案的允英宏基因組英微探?產品，探討臨床鑒別診斷的一步法策略。研究前瞻性的招募了30名疑似MTB或NTM感染患者，同時采用抗酸桿菌痰涂片、Lowenstein-Jensen（LJ）培養試驗、基于qPCR（quantitative real-time polymerase chain reaction）的結核分枝桿菌DNA（TB-DNA）和RNA檢測（TB-SAT）、BACTEC MGIT 960 快速培養、以及基于酶聯免疫斑點法的T-SPOT檢測技術進行了檢測，并與NGS一步法檢測策略進行了全面對比（圖1）。
英微探?在30名患者中共檢出25例MTB或NTM陽性，其中，有7例為MTB與NTM共同感染；此外，在所有患者中共捕獲鑒定出7種致病性NTM，較常見的為產粘液分枝桿菌（M. mucogenicum，7例）及膿腫分枝桿菌（M. abscessus，4例）。相比其它方法，NGS檢測結果陽性率最高（圖2）。
以MGIT 960結果作為金標準，NGS策略對MTB與NTM的檢測敏感性高達95%，一致性也達到83.35，均高于其它方法（圖3）。
此外，本研究選用了四種一線抗結核藥物利福平（rifampicin，RMP）、異煙肼（isoniazid，INH）、乙胺丁醇（ethambutol，EMB）和鏈霉素（streptomycin，STR）以及三種二線藥物阿米卡星（amikacin，AMK）、卷曲霉素（capreomycin，CAP）和氧氟沙星（ofloxacin，OFX），開展MGIT 960藥敏試驗鑒定。結果發現在所有17名MTB感染者中，有多達14人對至少兩種常見抗結核藥物具有耐藥性。針對NGS一步法診斷策略僅準確鑒定出其中9人的耐藥亞型結果，分析原因在于樣本的基因組覆蓋度較低導致的部分耐藥位點未被覆蓋。
綜上，本研究建立了一種基于NGS平臺的MTB與NTM快速鑒別診斷策略，針對NGS平臺一步法實現鑒別診斷與菌株耐藥性鑒定的臨床診斷方法，提出了探索性的路徑。
